การส่งเสริมความร่วมมือด้านเทคโนโลยีสารสนเทศในระดับทวิภาคีกับประเทศต่างๆ ประเทศไทยได้มีความร่วมมือทวิภาคีกับประเทศต่างๆ มากยิ่งขึ้น โดยเฉพาะในยุคของ e-Age นี้ เนคเทคได้มีบทบาทร่วมกับหน่วยงานภาครัฐอื่นๆ ในการเจรจาทำความตกลงความร่วมมือทั้งทางด้านนโยบายและทางด้านวิชาการ ซึ่งทั้งนี้กิจกรรมที่สำคัญที่ดำเนินการ ร่วมมือกับประเทศต่างๆ ได้แก่
สหรัฐอเมริกา ได้มีความร่วมมือทั้งในระดับภาคเอกชนและองค์กรต่างๆ อาทิ ร่วมมือกับบริษัท อินเทล ไมโครอิเล็กทรอนิกส์ (ประเทศไทย) จำกัด ในการสนับสนุนโครงการเขตอุตสาหกรรมซอฟต์แวร์และการประกวดซอฟต์แวร์ นอกจากนี้ยังมีความร่วมมือกับ U.S.Trade Development Agency (USTDA) ในการให้ทุนสนับสนุนการพัฒนาโครงการเครือข่ายสารสนเทศในภาครัฐ ตลอดจนความร่วมมือกับบริษัท Computer Associates PTE Ltd. ในการเพิ่มประสิทธิภาพ การบริหารเครือข่ายคอมพิวเตอร์เพื่อโรงเรียนไทย และความร่วมมือกับสถาบัน Massachusetts Institute of Technology (MIT) ในระบบเครือข่ายเพื่อการจัดการทรัพยากรน้ำแห่งประเทศไทย เป็นต้น

แคนาดา โดยมีความร่วมมือกับ Telecommunications Research Laboratories of Canada (TRLabs) เพื่อสนับสนุนการพัฒนานักวิจัย การถ่ายทอดเทคโนโลยี และการส่งเสริมอุตสาหกรรมด้านเทคโนโลยีโทรคมนาคมของประเทศ นอกจากนี้ได้ร่วมมือกับ International Center for the Advancement of Community-Based Rehabilitation (ICACBR) ในการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีสารสนเทศ เพื่อพัฒนาคุณภาพชีวิตของคนพิการ

ฝรั่งเศส ได้มีความร่วมมือกับ Brittany Research Center/IT companies ในโครงการความร่วมมือ ในการวิจัยทางด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ

เบลเยี่ยม ได้มีความร่วมมือกับ Interuniversity of Micro-electronics Center (IMEC) ใน การถ่ายทอดเทคโนโลยีและการฝึกอบรมนักวิจัยไทยด้านไมโครอิเล็กทรอนิกส์

ออสเตรเลีย ได้มีความร่วมมือกับ Distance Learning Multimedia Training Center Royal ของ Melbourne Institute of Technology (RMIT) เพื่อการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ การสร้าง ความแข็งแกร่งขององค์กรในเนื้อหาที่มีความสนใจร่วมกัน การให้บริการทางด้านเทคนิคและ อุตสาหกรรมโดยมีโปรแกรมการถ่ายทอดเทคโนโลยี และมีการพัฒนาโปรแกรมและหลักสูตร ร่วมกัน ตลอดจนมีการพัฒนาโครงการวิจัยร่วมกันในเรื่องความรู้ ความเชี่ยวชาญ และผลประโยชน์ด้านการค้า

ออสเตรเลีย/สหรัฐอเมริกา ได้มีความร่วมมือระหว่าง Prometric Thomson Learning ของสหรัฐฯ โดยสำนักงานในประเทศออสเตรเลีย กับ สวทช. โดยเนคเทค ดำเนินการจัดตั้งศูนย์สอบมาตรฐานวิชาชีพไอที (NSTDA/NECTEC Prometric Testing Center: TH5) ในการสร้างมาตรฐานวุฒิ-บัตรวิชาชีพ (IT Certified Professional) ซึ่งจะมีผลต่อการเสริมสร้างการพัฒนาคุณภาพบุคลากรของประเทศไทย โดยจะเป็นการยกระดับมาตรฐานด้านบุคลากรไอทีของประเทศให้ทัดเทียม ต่างประเทศ

ญี่ปุ่น ได้มีความร่วมมือกับหน่วยงานต่างๆ ของญี่ปุ่นคือ
- New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO) เพื่อพัฒนาเทคโนโลยีสารสนเทศด้านฐานข้อมูลเพื่องานผลิตและพัฒนาระบบแคตตาล็อกอิเล็กทรอนิกส์ ในโครงการ ความร่วมมือ Manufacturing Technology through International Cooperation หรือ MATIC
- The Communication Research Laboratory (CRL) ภายใต้ Ministry of Post and Telecommunications และ Electrotechnical Laboratory (ETL) เพื่อดำเนินงานวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีทางด้านการประมวลภาษาธรรมชาติ และเพื่อพัฒนาและรวบรวมทรัพยากรทางภาษาศาสตร์ สำหรับใช้ร่วมกันในการวิจัยทางด้านการประมวลผลภาษาธรรมชาติ
- Center of the International Cooperation for Computerization (CICC) เพื่อร่วมมือใน การวิจัยเรื่อง International Standardization: Multilingual Information Technology (MLIT) และในการพัฒนาและวิจัยระบบเครื่องแปลภาษาสำหรับภาษาในเอเชียซึ่งได้แก่ ภาษาจีน อินโดนีเซีย มาเลเซีย ญี่ปุ่น และภาษาไทย ตลอดจนการศึกษาเรื่อง "เทคโนโลยีทางด้านปัญญาประดิษฐ์ในประเทศไทย"
- The United Nations University (UNU) เพื่อสนับสนุนการแลกเปลี่ยนข้อมูลที่เป็นภาษาประจำชาติ บน www ผ่านระบบแปลภาษาด้วยคอมพิวเตอร์จำนวน ๑๔ ภาษา โดยเนคเทคดำเนินการด้านภาษาไทย
- Japan International Cooperation Agency (JICA) และสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้า เจ้าคุณทหารลาดกระบัง เพื่อร่วมมือในด้านเทคนิคการออกแบบเพื่อควบคุมสัญญาณรบกวนของแม่เหล็กไฟฟ้าสำหรับเพาเวอร์ คอนเวอร์เตอร์ ที่มีความเร็วสูง
- Electrotechnical Laboratory (ETL) Tsukuba Science City ในสาขาวิชา Multilingual Information Technology and Natural Language Processing เพื่อสร้างคลังข้อความประโยคภาษาไทยที่มี GDA Tag กำกับ จำนวน ๕๐๐ KB.
- National Center for Science Information Systems (NACSIS) (ปัจจุบันเปลี่ยนชื่อเป็น National Institute of Informatics: NII) โดยกระทรวงศึกษาของญี่ปุ่นได้สนับสนุนในการเชื่อมต่อวงจรสื่อสารความเร็วสูง ๒ Mbps กับเครือข่ายไทยสาร เพื่อความสะดวกในการติดต่อและทำงานร่วมกันระหว่างมหาวิทยาลัยและเครือข่ายนักวิจัยญี่ปุ่นกับมหาวิทยาลัยของไทย ซึ่งทั้งนี้ เนคเทค และ NACSIS จะมีการประชุมวิชาการร่วมกันเป็นประจำทุกปี ภายใต้ชื่อ International Workshop on Academic Information Networks and Systems (WAINS) เพื่อแลกเปลี่ยนความคิดและผลงานวิจัย ตัวอย่างงานวิจัยที่มีความร่วมมือได้แก่ การส่งข้อมูลภาพและเสียง การสอนทางไกล การส่งข้อมูลภาพถ่ายดาวเทียมผ่านอินเทอร์เน็ต เป็นต้น
- Ministry of International Trade and Industry (MITI) ได้มีความร่วมมือในโครงการ "ความร่วมมือในการจัดสอบวัดมาตรฐานวิชาชีพด้านเทคโนโลยีสารสนเทศตามมาตรฐานของประเทศญี่ปุ่น" เพื่อจัดทำแนวทางสำหรับการจัดสอบเพื่อวัดมาตรฐานวิชาชีพด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ ที่เป็นมาตรฐานสากลสำหรับประเทศไทย

สิงคโปร์ ได้มีความร่วมมือกับหน่วยงานต่างๆ คือ
- Industrial Technology & Computer, JETRO Singapore ในการร่วมมือเพื่อสำรวจด้าน "Artificial Intelligence Technology in Thailand"
- InfoComm Development Authority of Singapore (IDA) ในด้านเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่อการศึกษา การส่งเสริมการลงทุน การค้า และการท่องเที่ยว
- ภายใต้ข้อตกลง The Singapore - Thailand Civil Service Exchange Program (CSEP) ได้มีความร่วมมือกับหน่วยงานต่างๆ ของสิงคโปร์ ดังนี้คือ The Centre for Remote Imaging, Sensing and Processing (CRISP) ในความร่วมมือทางด้านเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่อแลกเปลี่ยนข้อมูลการสำรวจระยะไกลจากดาวเทียม รวมทั้งความร่วมมือกับหน่วยงาน Singapore Polytechnic และ Singapore International Foundation เกี่ยวกับทางด้านเทคโนโลยีเพื่อคนพิการ และความร่วมมือกับหน่วยงาน InfoComm Development Authority ในเรื่องรัฐบาลอิเล็กทรอนิกส์ (e-Government)

ลาว (โดยการสนับสนุนทางด้านงบประมาณจาก UNESCO) เนคเทคได้มีการให้ความช่วยเหลือทางด้านการถ่ายทอดความรู้ทางด้านการจัดการและบริหารเครือข่ายอินเทอร์เน็ต ให้กับเจ้าหน้าที่ของประเทศลาว ทั้งนี้เพื่อสามารถเป็นผู้สอนให้แก่วิศวกรอื่นๆในประเทศลาวต่อไป

กัมพูชา (โดยการสนับสนุนทางด้านงบประมาณจาก UNESCO) เนคเทคได้มีการให้ความช่วย-เหลือทางด้านการถ่ายทอดความรู้ทางด้านการจัดการ และบริหารเครือข่ายอินเทอร์เน็ตให้กับ เจ้าหน้าที่ของประเทศลาว ทั้งนี้เพื่อสามารถเป็นผู้สอนให้แก่วิศวกรอื่นๆ ในประเทศกัมพูชาต่อไป